Fu un evento annunciato all’ultimo momento solo a pochi per motivi di prudenza e per assicurarne il tranquillo svolgimento. Erano le 22 e per l’occasione la cripta di Santa Maria delle Grazie aveva un volto tutto nuovo, mai visto prima. Dove c’era l’altare, su una gradinata di legno appositamente allestita, vi erano un centinaio di frati cappuccini giunti dai vari conventi della provincia religiosa. Nella zona di fronte, sotto una copia del grande “Crocifisso di San Damiano”, la “sede” dell’allora arcivescovo S. Ecc. Mons. Domenico D’Ambrosio oggi arcivescovo emerito di Lecce. Ai lati erano presenti le Autorità ecclesiastiche, civili, militari e dell’Ordine Cappuccino, illustri medici, i parenti del Santo e alcuni fedeli a vario titolo convocati. In tutto duecento persone.
La sera del 2 marzo, tra i presenti regnava una grande emozione che venne interrotta, da martello e scalpello. Una dopo l’altra, le traverse bianche vennero tolte, con evidenti sforzi. Con ganci e corde possenti, i confratelli del santo, sollevano la bara. La bara, quando risalì in superficie venne accolta da un prolungato applauso. Mani protese, lacrime di commozione, mute richieste di grazie. Padre Pio, “fisicamente”, era di nuovo tra i suoi confratelli, tra i suoi figli spirituali, tra i suoi devoti.
Erano le 23, 30 quando venne sollevata la lamina di copertura. Tutti speravano di rivedere, le amate sembianze di Padre Pio. Purtroppo il cristallo che le proteggeva veniva offuscato da migliaia di gocce di condensa. Sembrava di vedere le lacrime di coloro che si sono fermati in preghiera su quella tomba, per sfogare le loro pene e chiedere l’aiuto di san Pio, invece, erano la conseguenza dell’umidità. Quell’umidità dell’intonaco fresco con cui era stato “apparecchiato” il loculo, nel settembre del 68. Le reliquie del corpo di San Pio dopo essere state incensate, vennero portate nella stanza allestita per la ricognizione canonica. Qui i periti, dopo aver rimosso la lastra di cristallo, procedettero ad una sommaria ispezione del corpo.
Subito dopo fu l’Arcivescovo che spiegò ai presenti che vennero rilevati molti segni di una buona conservazione dei resti mortali di san Pio. Ma un processo di saponificazione, dovuto alla cattiva allocazione in un ambiente sepolcrale umido, ha danneggiato il cranio e gli arti superiori, che risultavano in parte scheletriti. Erano visibili le sopracciglia, la barba, i denti, il mento «perfetto», le mani, le unghie. Buone, le condizioni di un ginocchio e degli arti inferiori. Una conseguenza della tumulazione del corpo di Padre Pio, «l’intonaco del sepolcro era molto fresco ed ha trasmesso un’eccessiva umidità».
Terminate le procedure idonee per garantire al corpo del Santo le migliori condizioni di conservazione, le spoglie mortali vennero poi composte in un’urna che venne collocata, dal 24 aprile 2008, nella stessa cripta in cui Padre Pio venne sepolto per 40 anni, per consentirne la venerazione da parte dei fedeli.