E’ noto che Francesco d’Assisi compì un pellegrinaggio sulla montagna del Gargano nel 1216. Il viaggio, tuttavia, non si esaurì nella grotta dell’Arcangelo Michele, del quale era devotissimo, ma proseguì per tutto il promontorio lasciando ovunque una profonda orma di sé ancora oggi vivissima. Testimonianza della presenza del Poverello d’Assisi sono le decine di conventi che la tradizione vuole fondati proprio dal Patrono d’Italia.
Padre Mario Villani, storico archivista e bibliotecario del Santuario di San Matteo a San Marco in Lamis, racconta: «Nella prima metà del secolo XIII sul Gargano sorsero i conventi di S. Giovanni Rotondo, Monte Sant’Angelo, Peschici, Ischitella, Cagnano, Vieste, Manfredonia e Apricena. Gli studiosi sono concordi nel dire che qualcosa di vero ci sia nel fatto che siano stati fondati dallo stesso S. Francesco: i conventi sono tutti risalenti al periodo immediatamente successivo alla morte del Santo avvenuta nel 1226. Ma prima che si insediassero i frati, sul Gargano e nella Daunia, la devozione a S. Francesco era molto diffusa. “Il primo frate minore garganico di cui si ha notizia era di Monte Sant’Angelo, si chiamava Palmeiro de Monte Gargano e lo troviamo nel 1221 ad Assisi, a Santa Maria degli Angeli, nel Capitolo generale detto “delle stuoie”, mentre reclutava i frati da mandare in missione in Germania, dove dopo qualche anno fu eletto superiore del convento di Magdeburgo » . La presenza dei francescani sul Gargano e nella Daunia, si espanse tra il XIV e il XVI secolo.
Agli insediamenti già operanti se ne aggiunsero altri in sostituzione di quelli benedettini nedettini. Fra questi l’abbazia di San Giovanni In Lamis, fondata nel VII-VIII secolo dai benedettini. Con i francescani arrivati nel 1578, il complesso monastico rifiorì e divenne punto di riferimento religioso dei pastori transumanti, San Matteo divenne il santo protettore degli animali di campagna. Su tutto il Gargano si andò sviluppando una mistica rete di conventi da cui partivano frati predicatori, insegnanti, questuanti per evangelizzare, confessare, visitare gli infermi e i carcerati, aiutare i parroci, collaborare con i vescovi. I conventi divennero luoghi di preghiera e di pacificazione, ma anche di cultura e laboratori operosi. Anche le sorelle clarisse sono state presenti in gran numero sul Gargano. Notevoli i monasteri di Monte Sant’Angelo e Manfredonia. Il primo eretto nel 1404 ebbe grande importanza nella vita della città. Fu soppresso nel 1866 dalla legge che eliminava ordini e congregazioni religiose. Stessa sorte subì la comunità clarisse di Manfredonia fondata nel 1592. Gravi danni subì dal sacco dei Turchi del 1620. Una ragazza ospite di quel convento, Giacometta Beccarini, fu rapita e venduta al sultano del quale divenne la favorita. Sulla scia dello spirito francescano si è sviluppato il movimento laico del Terz’O rd i n e della penitenza fondato da S. Francesco».